En el japonés original, el título es Hagane no Renkinjutsushi (鋼の錬金術師, 'Hagane no Renkinjutsushi'?), que significa "El alquimista de acero", y se suele abreviar coloquialmente como Hagaren (ハガレン, 'Hagaren'?).

En la historia se muestran las vivencias de dos hermanos alquimistas, que pese al tabú impuesto al respecto, intentaron resucitar a su madre. Esta prohibición pesa sobre la llamada transmutacion humana, mediante la cual, si uno comprende perfectamente el proceso, se puede reconstruir de cero un cuerpo humano, e insertar en él el alma del difunto, u otra creada artificialmente.

La alquimia humana se rige, igual que toda alquimia, por el Principio de Intercambio Equivalente: hay que dar algo de un determinado valor para conseguir algo del mismo valor. Sin embargo, para realizar la dicha alquimia, se necesitan dos cosas muy preciadas: los conocimientos para llevar a cabo la transmutación, y la propia alma. Y por ambas, hay que pagar. Los hermanos Elric desconocían que el precio sería el cuerpo de Alphonse, el menor, y la pierna izquierda de Edward, el mayor. Tras esto, y en un momento de desesperación, Ed sacrificó su brazo derecho para recuperar el alma de su hermano y atarla a una armadura. Ed sustituyó los miembros perdidos mediante Automail (es la posibilidad de sustituir un miembro perdido por otro mecánico que se controla con los mismos impulsos nerviosos que el cerebro emitiría para el original), y poco después empezó junto a su hermano a viajar por todo el país buscando la forma de recuperar la totalidad de sus cuerpos originales. Para ello, Ed alcanza el rango de Alquimista Nacional, con el apodo de Alquimista de Acero (por sus miembros de metal), lo cual les da más libertad de movimiento.

Su búsqueda les lleva por numerosas situaciones, y acaba dirigiéndose a la consecución de un artefacto o sustancia, la Piedra Filosofal, que permite realizar alquimia sin tener en cuenta el Principio de Intercambio Equivalente. No son los únicos que la buscan, tambien hay oscuros seres que desean hacerla que intentaran utilizar a los hermanos para realizar su cometido.

El anime consta de 51 capitulos, tambien hay una pelicula que es basicamente el final que se esperaba de fullmetal alchemist.